Episode 3: f.r.e.e. mit Ralf o Floca
f.r.e.e. – A flexible registration and evaluation engine
Homepage des Projekts: http://www.floca.de/research/free/
Projekt auf Sourceforge: http://sourceforge.net/projects/freetk/
Das Interview führten: Johannes Thönes und Hauke Hund
Interviewpartner: Dipl.-Inform. Med. Ralf o Floca
Intro- und Outro Musik: Martin Gutzeit
Shownotes
- Floca R, Dickhaus H. A flexible registration and evaluation engine (f.r.e.e). Computer Methods and Programs in Biomed. 2007 Aug; 87(2):81-92
- Dickhaus H, Floca R, Eisenmann U, Metzner R, Wirtz CR. A flexible registration framework for multimodal image data. Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc. 2004;3:1755-8.
- Floca R, Entwicklung einer interaktiven Matchingumgebung für die Neurochirurgie (Bibliothek Heilbronn: MI FLO)
- f.r.e.e. Tutorial: Example 1 (PDF)
- ITK: Insight Segmentation and Registration Toolkit (http://www.itk.org/)
- Näheres zur Theorie und Praxis der Registrierung wird auch in den Hauptdiplomsvorlesungen Medizinische Bildverarbeitung 1 und 2 bei Prof. Dr. Dickhaus vermittelt.
Glossar
- Registrierung: Unter Registrierung in der digitalen Bild- und Signalverarbeitung versteht man den Prozess, eine Transformation zu finden, eine bestimmte Information aus einen Informationsraum in einem anderen zu finden, sodass die Informationen aus zwei Informationsräumen zusammengeführt werden können.
- Benchmark: Test, der anhand von bekannten Kenngrößen die Güte eines Produkt oder Verfahrens testet – in der Regel im Kontrast zu einem anderen Produkt bzw. Verfahren.
- Gaußfilter: Filtermatrix in der Bildverarbeitung, die sich an die Gauß’sche Glockenkurven anlehnt. Siehe Skript Med. Bildverarbeitung 1.
- Konsistenz: Ein System ist kosistent, wenn es in sich keine logischen Widersprüche enthält und damit in sich stimmig ist.
- Robustheit: Ein System ist robust, wenn es nicht aufgrund von bestimmten (ggf. seltenen) Umweltbedingungen zerstört werden kann bzw. sein Ausführung immernoch funktioniert.
- Algorithmus: Eine allgemein definierte Handlungsvorschrift die systematisch zum finden einer Lösung abgearbeitet werden können. Ein Algorithmus kann oft durch gewöhnliche Programmiersprachen realisiert werden.
- Parameter: Einfluss größe für ein System.
- Systemanalyse: Untersuchen des Verhalten eines Systems mithilfe von Simulationen.
- Shared Library: Dynamische Bibliothek die erst bei Bedarf zur Laufzeit in den Arbeitsspeicher geladen wird (In Windows DLLs).
- Early Adopters: Begriff der im Open Source Bereich die Benutzer bezeichnet, die eine Software besonders früh – ggf. noch bevor sie komplette fehlerfrei läuft – benutzen.
- Design-Pattern: Vorlagen für häufige Probleme in der Objektorientierten Software-Entwicklung, die angepasst für eigene Probleme eingesetzt werden können.
- Abstract Factory Pattern: Muster, das die Erzeugung gleichartiger Objekt-Familien unterschiedlicher Herkunft kapselt.
- Builder Pattern: Muster, bei dem ein Objekt komplexe Konstruktionsmechanismen anderer Objekte kapselt.
- Adapter Pattern: Muster, welches die Schnittstellen verschiedene Komponente gleicher Funktionalität (mit bisher unterschiedlichen Schnittstellen) vereinheitlicht.
- ISO C++: C++ ist eine Programmiersprache, die es erlaubt objektorientierten Code in C zu schreiben. Die Sprache zeichnet sich dadurch aus, dass sowohl sehr abstrakt aber auch direkt auf der Hardware programmiert werden kann. ISO C++ ist die Sprache, wie sie von der International Standart Organization standardisiert wurde.
- Assembler: Maschinensprache, bei der Befehle direkt auf der Hardware ausgeführt werden.
- Java: An C angelehnte, von Sun Microsystems entwickelte rein-objektorientiert Programmiersprache, deren Ziel vorallem Plattformunabhängigkeit und einfache Programmierung ist.
- Reflections: Mechanismen, mit denen zur Laufzeit eines Programms festgestellt werden kann, welche Methoden und Eigenschaften Objekte haben.
- Iterator Pattern: Muster, das ein Objekt definiert, welches die sequenzielle Abarbeitung von Listen kontrolliert.
- Ruby: Dynamische Programmiersprache, die sich vorallem durch saubere, einfach lesbare Syntax auszeichnet. Erlebte in der letzten Zeit einen Hype, vorallem wegen dem Webframework Ruby on Rails.
- Duck Typing: Duck-Typing ist das verfahren, nicht typisierte Sprachen zur erkennen des Typs eines Obejekts zur Laufzeit. Der Name lehnt sich an folgendes Zitat aus einem Gedicht von James Whitcomb Rileys an. “When I see a bird that walks like a duck and swims like a duck and quacks like a duck, I call that bird a duck.”
